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藍綠細菌雖然又被稱為藍綠藻類, 是一類極為遠古的植物族群, 其起源可追溯到10億年前的元古代晚期 (自然歷史的地層分類可參閱 延陵地質年代志), 因為它的結構和真正的藻類十分接近: 有大形的藻體及藻絲, 生態(tài)也接很近藻類, 這些特徵使它們和典型的細胞族群有極大的差異, 但是其主體細胞內仍未有真正的細胞核, 換言之, 它們仍是原核生物, 除了細菌外, 藻類(Alage)、真菌類(fungi)以及更高等的植物族群皆為有細胞核的真核生物 (Eukaryota), 故此, 藍綠細菌可算是細菌及藻類的過渡類型。
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