生物在演化過(guò)程中歷經(jīng)了多少次的事件我們無(wú)法得知,因此所有的演化學(xué)說(shuō)都只能當(dāng)參考。我們是藉由外群的比較來(lái)判斷哪些是屬于較原始的特征,再進(jìn)一步與整個(gè)內(nèi)群比較,得到一個(gè)有根的樹(shù)狀圖,再得知各形質(zhì)在分類單元中的變化過(guò)程。我們由這些學(xué)派的邏輯中可以了解返祖是可能發(fā)生的,因此我們盡量使用合適的形質(zhì)或基因,避免過(guò)多演化飽和的特征影響分類的結(jié)果。
當(dāng)提出異型性染色體例如XY、ZW等可能源自于體染色體的假說(shuō),這個(gè)假說(shuō)在脊椎動(dòng)物中一般都是通用的。雖然絕大部份的脊椎動(dòng)物都可觀察到異型性染色體的存在,不過(guò)也有某些種類并未發(fā)現(xiàn)這類型的染色體。這產(chǎn)生了兩種不同的解釋方式,一個(gè)是這些種類在演化過(guò)程中從未產(chǎn)生出異型性染色體,另一種說(shuō)法則是認(rèn)為異型性染色體在演化中有第二次消失的可能。由于研究異型性染色體消失過(guò)程相當(dāng)困難,尤其是在較高等的脊椎動(dòng)物,因此極少有這方面的文章報(bào)導(dǎo)。魚類缺乏穩(wěn)定的性染色體系統(tǒng)是做為這方面研究很好的對(duì)象。