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近來有些研究自營性氨氧化菌的分布及其歧異度時,是在PCR增幅出自營性氨氧化菌的16SrDNA之后,再利用具專一性探針或者DGGE的方法去探討,其目的便是要省去選殖及定序所需花費的時間,不過由于其資料庫尚未齊全,通常還是需要演化樹圖來加以佐證,確立相對的演化位置及在環(huán)境中所扮演的角色。
在本篇研究中便是採用DGGE的方法來探討,而由其結果來看,在DGGE變性電泳膠上面,將不同位置所產(chǎn)生的DNA條帶從電泳膠上切下,并將DNA從膠體中純化出來再去進行定序及序列比對,結果發(fā)現(xiàn)在電泳膠上所產(chǎn)生出不同的DNA條帶,其序列亦不相同及表示不同的條帶便代表不同的菌種。但是利用這種方式來探討菌種的歧異度時,菌種親緣演化關系較相近的菌種是不容易用此方法觀察出來的。
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