環(huán)境微生物檢測方法是用以鑒定環(huán)境中可能對人體有害或污染性微生物，這些方法多為利用選擇性培養(yǎng)基或生化代謝特性等傳統(tǒng)方式，來鑒定包括細(xì)菌、真菌及原生動物等不同標(biāo)的物種。而微生物鑒定晶片是一項新穎、準(zhǔn)確、快速的檢測技術(shù)，但受限于微生物的物種繁多、應(yīng)用市場小、開發(fā)成本高等因素，故目前市售的環(huán)境微生物晶片并不多見。

　　傳統(tǒng)的環(huán)境微生物菌種鑒定流程包括菌種培養(yǎng)之形態(tài)及顯微鏡鏡檢后，再利用選擇性培養(yǎng)基篩檢、特定染色或是菌種特定生化代謝過程等方式鑒定菌種。此法的缺點是必須分別針對不同的菌種特定設(shè)計特定的鑒定方式，故鑒定者必須分別學(xué)習(xí)不同的檢測技術(shù)，且對于某些區(qū)分不易的菌種易有誤判的機會。

　　利用分子生物技術(shù)鑒定微生物是一項劃時代的突破，這是因為基因檢測不但能有效提高檢測效率，也可大大的提高檢測的準(zhǔn)確度。生物晶片是利用特定載體結(jié)合上不同序列的分子探針，每種探針可分別偵測菌種所獨特的基因序列，故可用以一次鑒定不同菌種，具有操作統(tǒng)一、省時省成本等優(yōu)點。就目前市售的晶片來看，主要是著重于人類或動物基因體研究及醫(yī)藥開發(fā)，少數(shù)才是食品、動植物感染疾病及農(nóng)業(yè)病蟲害等領(lǐng)域之微生物檢測晶片。國內(nèi)許多政府檢驗機構(gòu)如國內(nèi)的農(nóng)委會防疫局、疾病管制局及畜產(chǎn)所等，皆有投入研發(fā)與業(yè)務(wù)有關(guān)之菌種鑒定晶片，故本所有必要自行開發(fā)生物晶片以強化環(huán)境致病性微生物的檢測技術(shù)。

　　就各國對環(huán)境微生物檢測技術(shù)的投入及研究來看，最常使用聚合酶連鎖反應(yīng)（如PCR、qPCR或RAPD-PCR）來鑒定菌種，主要是偵測每種菌所具有獨特的基因序列，故此法具有準(zhǔn)確、快速的優(yōu)勢。例如美國EPA就針對空氣中36種致敏性黴菌，開發(fā)qPCR（即時定量PCR）的方式來鑒定及定量灰塵或是空氣中的有害黴菌，但此法的缺點是成本高、一次只能分析一種菌種且需較多之樣品量，故此技術(shù)較適合于單一或是數(shù)種菌種的鑒定。

　　目前環(huán)境晶片開發(fā)的困難點在于世界上預(yù)估的菌種大約為上千萬種，故樣品中包含了許多未考量或未知的微生物，可能會干擾檢測的準(zhǔn)確性。本所目前研發(fā)的環(huán)境微生物檢測晶片是以發(fā)展技術(shù)較成熟的 DNA 晶片為主，以目前已自行開發(fā)的空氣中致病及致敏性真菌檢測晶片為例，此晶片可用于協(xié)助民眾對居家、公共場所或是交通工具等等環(huán)境中21種有害真菌之快速鑒定。利用此晶片不但可將傳統(tǒng)鑒定真菌所需1個月以上時間縮短至7天以內(nèi)，且操作者可一次操作大量樣品，具有節(jié)省檢測的時間、人力及經(jīng)費等等的優(yōu)點。此晶片雖然檢測準(zhǔn)確度高，但因為環(huán)境的微生物的濃度偏低，故需先行培養(yǎng)或先行放大DNA后才足以檢測微量的菌種；另外此技術(shù)是以尼龍薄膜晶片為主，無法進行定量的菌種分析，故未來仍有改進的空間。

　　開發(fā)環(huán)境有害微生物的檢測晶片，不但有助于環(huán)境檢測工作的推行及檢測效率，也能有效的為民眾的健康把關(guān)。本所預(yù)定研發(fā)許多不同種類的環(huán)境有害微生物晶片，除目前開發(fā)中的退伍軍人菌晶片外，未來還可研發(fā)包括環(huán)境污染菌、水中有害藻類等篩檢晶片。在技術(shù)上除了已開發(fā)之尼龍薄膜晶片，也將開發(fā)以螢光或是冷光系統(tǒng)為主的鑒定晶片，此二種技術(shù)不但檢測靈敏度更高，且可用以定量檢測標(biāo)的物，將可更有效分析菌種的危害性。故這些新技術(shù)的研發(fā)，對未來推動環(huán)境微生物檢測晶片將是一大助益。