將病原菌從病株或病部挑取出來，這個過程叫做分離。分離的方法很多種，依照不同病原菌種類有不同方法如果是細(xì)菌，則可以將罹病組織先切開，這時使用一種工具，叫做移植環(huán)（有個把柄，握把塑膠製，末端一個小鐵環(huán)，半徑約1mm上下）環(huán)末端碰觸一下切開的位置，再來用末端開始涂抹培養(yǎng)基，基本上有個畫線的方法，不過只要有碰到，基本上就可以培養(yǎng)到細(xì)菌依照畫線模式是希望能夠得到單一顆菌落，菌落一詞適用于真菌和細(xì)菌，指培養(yǎng)在培養(yǎng)基上時，可以看到他們因為增生的關(guān)係，所以變成一圈，這個圈還會越變越大，直到該菌的生長能力停滯或是培養(yǎng)基養(yǎng)分耗盡為止取得單一菌落可以確保純度，用肉眼就可以確認(rèn)是否遭到污染。此時我們就會將這些菌落在進(jìn)行純培養(yǎng)，此舉是因為剛從組織上分下來。組織上還會有許多腐生菌。因此在分離后的培養(yǎng)基上，會有很多微生物在上面進(jìn)一步的純培養(yǎng)可以降低我們要的菌被污染的風(fēng)險，順便活化菌的活性如果是真菌，我們就要將前述罹病組織切下，直接放在培養(yǎng)基上面真菌的菌絲尖端可以生長，就像植物的根一樣，它們會開始蔓延，此時的培養(yǎng)基上可以看到絲狀構(gòu)造，從組織處放射狀長出，這個一樣叫菌落。和細(xì)菌不同的是，真菌菌落多半毛茸茸，細(xì)菌則是濕答答。