大核雖然與小核都有同樣來源，但是在發(fā)育成大核的過程中還是有種種的變化，使得最后大核與小核的染色體DNA不盡相同。除了多套數與雙套數的區(qū)別之外，大核的染色體會重組與斷裂。重組發(fā)生在特定的DNA序列上，這些重組位置的DNA有特殊的排列，稱為內部剪接序列(IES, internal excision sequence)，纖毛蟲細胞中有特殊的酵素系統(tǒng)與調節(jié)蛋白會識別這些IES的標誌，然后把兩段IES中間的DNA移除，之后再重新接起來。不同的纖毛蟲有不一樣的IES，中間序列移除后留下的痕跡也不一樣，四膜蟲的剪接是不精確的剪接，每次留下來的殘留序列不盡相同，但是草履蟲與Euplotes則會精確地在剪接位置上留下一樣的序列。而這些頭尾夾著被移除DNA的IES有的是同向的重複序列(directed repeat)，有的則是反向的(inverted repeat)，看著看著又讓人想起Transposable element的跳躍基因模式。難道纖毛蟲演化出這樣複雜的染色體剪接跟跳躍基因也有關聯(lián)嗎？除了剪接，大核染色體還會從染色體斷裂區(qū) (chromosome breaking site)斷裂成一小段一小段，四膜蟲與草履蟲每個片段都還有好幾萬甚至幾十萬個鹽基對，帶有許多不同的基因，但是Euplotes的大核染色體卻只有幾千個鹽基對的長度，每個小染色體上只有一個基因－－又再一次看到不同的纖毛蟲演化出不同的樣態(tài)。

目前對于大核小核發(fā)育所知最多的莫過于四膜蟲了，然而不僅現(xiàn)在對四膜蟲大核發(fā)育的確切機制弄不清楚，另外還有那么多各式各樣的纖毛蟲表親們尚待研究，難怪有人說研究生物永遠不怕沒題目。不過，去瞭解這些現(xiàn)象固然十分有趣，但是不免有所質疑: Who cares? 生物世界的豐富與多采多姿遠遠超出我們的想像，所以研究題材在你我有生之年還不至于有匱乏的一天，但是，花費心血與精力去了解一種與眾不同的獨特生物，除了自得其樂之外，還有沒有別人關心？對于整個科學與人類社群的關聯(lián)又有多大？從更現(xiàn)實的一面考量，這樣的研究有誰愿意資助呢？

資源有限的的科學社群，固然沒有足夠的財力物力與人力，去全面解開林林總總不一而足的謎團；而纖毛蟲千奇百怪，人類或許更沒有充足的好奇心，可以與之匹配。