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諸如溶菌酶等簡單酶類的催化-測定蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)
20世紀(jì)生物化學(xué)方面研究的進(jìn)展包括了測定蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的方法學(xué)的
發(fā)展。原子水平的分辨率要求預(yù)先知道譬如碳原子、氮原子和氧原子等
的定位和它們之間確切的相互影響。即使無法知道全部的原子,通過大
部分原子的定位,蛋白質(zhì)復(fù)雜的原子“圖譜”就可以建立起來了,就像
我們上一章用很多表格表示一樣。
結(jié)構(gòu)方法在描述蛋白質(zhì)功能的影響的時候包括了解血紅蛋白的變構(gòu)
活性和氧結(jié)合機制,同時了解諸如溶菌酶等簡單酶類的催化活性。它還
可以被進(jìn)一步擴(kuò)展到了解大型酶類,如環(huán)加氧酶、限制性內(nèi)切核酸酶和
氨酰tRNA合成酶。結(jié)構(gòu)方面的技術(shù)也同樣可應(yīng)用于膜蛋白,如光合成反
應(yīng)中心和呼吸鏈復(fù)合物。近期大分子體系如蛋白酶或核糖體的機制已經(jīng)
因為超級精確原子結(jié)構(gòu)的產(chǎn)生而被闡明。所有這些進(jìn)步都源于對蛋白質(zhì)
中原子排列的了解以及對拓?fù)鋵W(xué)是如何精確地適應(yīng)它們不同的生物學(xué)功
能的了解。
2004年初,超過22 000個蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)被收藏在蛋白質(zhì)信息中心。超
過86%的實驗來源的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)是關(guān)于晶體結(jié)構(gòu)的研究。剩下的很多結(jié)
構(gòu)是通過核磁共振光譜來解決的。慢慢地,第三種技術(shù),“冷質(zhì)譜”技
術(shù)開始出現(xiàn),它建立在已有技術(shù)的基礎(chǔ)上,非常適合不對稱大分子體系
。盡管本章的重點是隱藏在結(jié)晶學(xué)和核磁共振光譜學(xué)在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)方面
應(yīng)用背后的實驗基礎(chǔ),不過電子結(jié)晶學(xué)在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)方面逐漸擴(kuò)大的影
響要求就這一技術(shù)做一些討論。這種方法最先被用來檢測細(xì)菌(視)紫紅
質(zhì)的結(jié)構(gòu),或許可能在不久的將來被擴(kuò)展作為一種結(jié)構(gòu)方法來應(yīng)用,因
為結(jié)構(gòu)方面的技術(shù)正在被應(yīng)用到日益復(fù)雜的結(jié)構(gòu)中。
這些方法僅僅是用實驗技術(shù)收集“結(jié)構(gòu)”信息,還有其他一些生物
物理學(xué)方法可以提供蛋白質(zhì)特定區(qū)域的信息。分光光度法如圓二色性(C
D)可以提供有關(guān)蛋白質(zhì)螺旋含量或者芳香族殘基不對稱環(huán)境的細(xì)節(jié)信息
。紫外一可見吸收分光光度法可以幫助了解金屬離子、芳香基團(tuán)或者輔
因子與蛋白質(zhì)的結(jié)合,而熒光的方法則揭示色氨酸側(cè)鏈的微環(huán)境。
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