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本文標(biāo)題:"微生物中獲取出來(lái)-已知的微生物分析顯微鏡"

新聞來(lái)源:未知 發(fā)布時(shí)間:2018-5-9 17:15:10 本站主頁(yè)地址:http://www.y7853.cn

微生物中獲取出來(lái)-已知的微生物分析顯微鏡

  位素微陣列中,放射性標(biāo)記RNA(特別包括14C)從樣本中提取出來(lái)并
進(jìn)行熒光子標(biāo)記,然后靶向識(shí)別相應(yīng)的不同微生物的16S rRNA。在這種
方法中,可以攝取標(biāo)記的生物可以被快速分離,不用事先了解共有的成
分(Adamczyk等,2003)。同位素微陣列是一種高通量篩選方法可以縮短
孵育時(shí)間。但是與SIP不同,同位素微陣列只能檢測(cè)序列已知的微生物
,因此考慮到這點(diǎn),它的限制性更強(qiáng)。像先前討論中提到FISH—MAR技
術(shù)的限制是生物代謝靜止(或簡(jiǎn)單慢速生長(zhǎng))的時(shí)候樣本將會(huì)消失,而且
這項(xiàng)技術(shù)對(duì)放射標(biāo)記的基質(zhì)研究也同樣受到限制。   基因組組合技術(shù)

  雖然同位素標(biāo)記能將特殊代謝能力和環(huán)境中的特殊微生物聯(lián)系起來(lái)
,但不能了解它是整個(gè)代謝中的哪個(gè)環(huán)節(jié)。這些問(wèn)題,可以用基因組推
斷潛在的代謝能力或催化地質(zhì)化學(xué)反應(yīng)的能力來(lái)擬補(bǔ)。強(qiáng)調(diào)它是潛在的
,對(duì)基因組研究再好不過(guò)了,因?yàn)樗軌虬凳灸繕?biāo)生物可能進(jìn)行的代謝
。這種分析(經(jīng)常稱為代謝組學(xué);Risesenfeld等,2004;DeLong,2007
)依賴繁瑣的計(jì)算分析來(lái)比較每個(gè)不同序列,從而鑒定DNA基序或預(yù)測(cè)基
因產(chǎn)物的特殊功能。還可以推測(cè)相關(guān)一種已知蛋白可能催化的反應(yīng),或
在哪種基因的編碼情況下它能夠表達(dá);有時(shí),基因組分析甚至能應(yīng)用于
整個(gè)微生物群落的活動(dòng)中(Tyson等,2004;DeLong等,2006)。最終,
這些假設(shè)可能通過(guò)經(jīng)典基因檢測(cè)和生化分析來(lái)證明特殊基因的存在,推
斷的代謝或地質(zhì)化學(xué)作用(見(jiàn)8.4部分和Martinez等,2007)。多種方法
能夠?qū)⒒蚪M信息從特殊環(huán)境的微生物中獲取出來(lái)(例如,磁電機(jī)一FIS
H,數(shù)字PCR)。因此即使細(xì)胞宿主已經(jīng)丟失,如果有足夠量DNA能克隆到
重裝的整個(gè)基因組中,宏基因組學(xué)仍可以特定生物體獲得。我們強(qiáng)調(diào)假
設(shè),因?yàn)閺沫h(huán)境DNA重建最初的基因組依舊具有很大挑戰(zhàn)性。不僅是基
因的表達(dá)原位監(jiān)測(cè)(Ram等,2005),而且可以追蹤到自然環(huán)境中特定基
因型和它們關(guān)系較近的種群(Rich等,2008)以指導(dǎo)培養(yǎng)基的設(shè)計(jì)來(lái)分離
/研究特殊地質(zhì)微生物(Tysom等,2005;Sabehi等,2005)。關(guān)于地質(zhì)
微生物在地質(zhì)微觀背景中基因組學(xué)面臨的問(wèn)題、機(jī)遇和挑戰(zhàn)更全面的討
論見(jiàn)Banfield等(2005)。8.3.5代謝基因的表達(dá)或它們基因產(chǎn)物的探
針檢測(cè)

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