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微生物群體中基因氯鹽酸降解實(shí)驗(yàn)
顯微鏡
如果對(duì)特定代謝基因表達(dá)或它的基因產(chǎn)物感興趣,可以設(shè)計(jì)特定探
針來(lái)檢測(cè)它。例如,PCR設(shè)計(jì)引物靶定古菌amoA(基因編碼氨單加氧酶0
【亞基)揭示了其廣泛存在于大多數(shù)海水及沉淀物中的氨氧化菌,暗示
了這些生物在地球氮循環(huán)上起著重要作用(Francis等,2005)。另一個(gè)
例子是用PCR設(shè)計(jì)引物靶定arrA基因,對(duì)于大多數(shù)砷酸鹽呼吸細(xì)菌,它
通常編碼一個(gè)砷酸鹽呼吸降解酶的亞基,用來(lái)檢測(cè)該基因在含砷培養(yǎng)基
中的表達(dá)(Malasarn等,2004)。在這些研究中,大量mRNA從培養(yǎng)基提取
出來(lái)并在PCR檢測(cè)前反轉(zhuǎn)錄為DNA。借助于實(shí)時(shí)定量PCR(q—PCR)對(duì)表達(dá)
基因進(jìn)行定量(Walker,2002)。這樣的方法可以用于定量海水環(huán)境中的
藍(lán)綠菌(Johnson等,2006)。
PCR方法需要強(qiáng)調(diào)的一點(diǎn)是,基因的翻譯后控制可能影響感興趣基
因產(chǎn)物的豐度(組成成分的產(chǎn)生或消失);因此,對(duì)一個(gè)特定環(huán)境中DNA
或RNA序列的檢測(cè)不能證明其產(chǎn)物在環(huán)境中的存在。對(duì)此更好的檢測(cè)是
用抗體反向靶定感興趣的蛋白。有個(gè)已經(jīng)用于氯鹽酸降解領(lǐng)域的例子,
氯鹽酸歧化酶(CD)(0’Connor和Coates)在環(huán)境下氯鹽酸降解細(xì)菌中是
高度保守的,因此,CD的出現(xiàn)是這個(gè)過(guò)程特異性探針的良好靶標(biāo)。如果
要了解微生物群體中基因/蛋白表達(dá)的時(shí)序性,可以用FISH技術(shù),附加
說(shuō)明是
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